秦兵马俑坑一共有3座，一号坑最为宏大，总面积达14260平方米，兵马俑数量也最多，预计有6000多件，可能是秦始皇的步兵团队。三号坑面积很小，但其地位却最高，疑似军事指挥机构。而二号坑，则是多兵种混编的。
1994年，考古专家对二号坑进行了正式发掘，其中在G18过洞首次发现了保存比较完好的8件彩绘陶俑。后来考古专家清理出土跪射俑多件，立姿军吏俑、立姿俑。最令人惊喜的是，在二号坑中出现了大量保存较好的彩绘俑，彩绘色彩完好程度远胜一号坑。这或许是因为二号坑被破坏的程度较小，且二号坑的兵马俑多为跪射俑，个头相对较低，与淤泥混为一体，所以彩绘更容易保存。
1999年考古工作者在二号俑坑发掘时，偶然发现了一件非常奇特的跪射武士俑，这件跪射俑头，除发须、瞳仁是黑色外，脸部涂有绿色彩绘，这是俑坑中首次发现的一件。这件绿面俑迥然异于其它已经出土的肉红色或粉白色面孔的秦俑。脸部为何会是绿色？至今依然是谜。
2012年6月，秦始皇帝陵博物院公布了秦兵马俑一号坑第3次考古发掘成果。这次发现的陶俑有的是黑色眼睛、有的是灰褐色眼睛，还有一个是红色眼珠、黑色瞳仁。不只是陶俑，秦陵博物院的专家们发掘出的柲、弩、鼓等各种器物上的彩绘均有保留、秦俑服饰上的颜色也非常多。事实上，兵马俑世界是个彩色世界，目前发现的陶俑几乎都是“彩绘”，但是由于秦代彩绘工艺水平低，加之破坏，很多陶俑的颜色脱落，但是仔细观察陶俑的细微处还是能发现彩绘痕迹的。
考古工作进入新时期
秦始皇陵的考古发掘经历了三个阶段，第一阶段是1974年到1998年，考古工作者进驻秦始皇陵考古现场，正式开展科学的考古工作，这期间的重要考古发现与研究，基本上奠定了秦始皇陵考古的初步格局与框架；第二阶段是1998年至2008年，1998年陕西省考古所与秦始皇兵马俑博物馆联合组建了考古队，在秦始皇陵地区开展进一步的工作，这期间在发掘、调查两方面都取得了重大收获，进一步拓展了秦始皇陵的内涵、拓宽了学术研究的思路；第三阶段是2009年至今，随着2009年秦始皇帝陵博物院的成立，秦陵博物院加大了秦始皇陵考古工作的力度，成立了专门的考古队伍，开展了系统全面的考古工作，使秦始皇帝陵的考古工作在前人的基础上进入到一个新的时期。
通过近8年的系统勘探与重点发掘，专家们进一步解决了陵墓的形制、内涵、结构等重大问题，对墓上建筑、墓道墓室与正藏、外藏、祔葬、祭祀、墙垣、门观、道路、陵邑等诸多遗存都有了新的发现，此外还对形制、空间、范围、规划、向位、象征、理念等重要问题有了突破性的认识。在此基础上，专家们系统思考秦始皇陵考古研究的体系、理论方法与重大核心问题。特别致力于在物质技术、社会礼仪、思想理念的体系结构下整体研究秦始皇陵遗存，特别着力于阐释秦始皇陵礼仪系统的结构组成、功能，并从物质技术、礼仪结构的研究上升到重点研究秦始皇陵所反映的思想理念。
当前秦陵博物院对秦始皇陵的研究与认识取得的巨大收获表明，秦始皇陵不仅仅是考古学储备，更是中国考古学研究可以利用的巨大宝库，据此中国考古学研究完全可以跻身世界考古之林。40余年的秦始皇陵考古成果一再表明，中华文明在当时的世界文明体系中具有独特的地位，取得了突出的成就，对秦始皇陵深层次的系统研究、对阐释认识秦代文明的这一关键阶段具有重要意义。